水垢对水环真空泵有一定的影响，由于工作液(水)中通常含有钙、镁等碳酸盐物质。当水环真空泵在正常运行过程中，工作液在受热温升作用下，水中相应的碳酸盐物质的溶解度就会降低，在泵长期运行后，该类物质就会逐步结晶析出，附着在圆盘、叶轮、泵体等部件上。

水环式真空泵在长期运行后，泵体内部结垢就会变得十分严重，常常导致圆盘与叶轮之间间隙减小，水环式真空泵运行时出现异声、启动电流过大、吸气量明显降低、真空度下降等现象，造成真空泵效率降低。

对于水环泵而言，影响其实际运行效率的因素很多。因此，在日常运行维护过程中，要从吸入介质的温度和饱和度、工作液的种类和温度、排气压力、工作液(水)液位和流量以及工作水的水质等多个方面建立完善的真空泵设计、改造选型、以及运行维护等制度措施，保证真空系统始终工作在最优工况条件，在为医院节省大量的检修维护经费的同时，有效提高真空系统实际运行过程中的机械效率。